新青森-新函館北斗は全体の7割近くがトンネルで、残り約3割が風や雪の影響を直接受ける高架橋になる。
雪で線路が埋まるのを防ぐため、新函館北斗-木古内(北海道木古内町)は、30~80センチかさ上げした路盤の脇に雪をためる貯雪式高架橋を設置。近くに住宅地がない青函トンネル入り口付近などでは、網状の床の隙間から雪をそのまま下に落とす開床式高架橋を設けた。スプリンクラーがあるのは、新青森付近のごく一部にとどまる。
雪や氷で切り替わらなくなると脱線など深刻な事態につながりかねないポイントには、電気融雪器を設置。線路脇のタンクで圧縮した空気を噴射し雪だけでなくレールの間に挟まった氷の塊も吹き飛ばすエアジェット式除雪装置を22カ所に取り付けた。新幹線と貨物列車の共用走行区間では、構造が複雑な3本レール用のポイントがある高架橋は、積雪を防ぐため屋根で覆った。