スカイマークが全日本空輸にも共同運航を柱とした業務提携を要請するのは、公的支援で再生した日本航空による単独支援に難色を示す国土交通省の意向を前に「譲歩」(西久保慎一社長)せざるを得なくなったためだ。日航と全日空の航空大手2社に支援を仰ぐ形となり、西久保社長は「民間企業の論理としてはあり得ないが、日航との競争バランスを整えるため全日空とも話をする」とした。
国交省は全日空や日航に続く「空の第三極」を育て、運賃引き下げやサービス向上につなげることを目指してきた経緯があり、スカイマークを独立経営の航空会社として存続させたい考えだ。同じ新興勢力のエア・ドゥやスカイネットアジア航空、スターフライヤーは今では全日空を傘下に持つANAホールディングス(HD)から出資や人材派遣を受けるなど、大手の影響下にある。スカイマークまでが独立経営を保てなくなれば、同省が描く航空行政が後退したとの批判は免れられない。
だが、2010年に経営破綻した日航は、公的資金の注入など民主党政権下で手厚い支援を受けて再生した経緯があり、ANAHDや自民党議員の一部からは「競争環境をゆがめている」との批判が根強い。