博士論文を巡っても疑惑が噴出した。冒頭の約20ページが米国立衛生研究所(NIH)のサイト内の文章とほぼ同じだったり、実験結果を示す画像がバイオ系企業のホームページの画像に酷似したりするなどの疑問点が判明。早稲田大は3月28日、調査委員会の設置を発表、学位剥奪の可能性も出てきた。
小保方氏は平成20年から23年まで、早稲田大の博士課程に在籍しながら米ハーバード大に留学。その後、理研で2年間の客員研究員を経て、25年3月に29歳という異例の若さで研究ユニットリーダーに迎えられた。
リーダー就任時の理研の広報誌で、信条について「感謝を忘れない」と記していた小保方氏。しかし、明るみに出た不正や捏造は共著者と科学を裏切る重大な行為だった。