これに対し３被告側は、長期評価は根拠が不明確で「信頼性はなかった」とし、直ちに対策に取り組まなかったことの妥当性を強調する。また実際の津波は試算と異なり、仮に試算に基づいて対策しても「結果の回避は不可能だった」と主張。指定弁護士の訴えと真っ向から対立している。
事故をめぐっては、国会や東電など４つの事故調査委員会が検証を実施。国会事故調は事故を「人災」とし、東電も津波想定に「結果的に甘さがあった」とした。ただ一般的に重大事故で個人に刑事責任を負わせる過失罪の立証はハードルが高い。漠然とした不安感などではなく、具体的な危険性を認識した上で事故を予測できたとの厳しい事実認定が不可欠だからだ。
東京地検は２５年９月、「津波を具体的に予見することは困難だった」などとして３被告ら計４２人を不起訴処分としたが、検察審査会は３被告を起訴すべきだと２度議決。津波を予見できたのに対策を怠り、事故で長時間の避難を余儀なくされた双葉病院（福島県大熊町）の入院患者ら計４４人を死亡させたなどとして、２８年２月に強制起訴された。