質疑は安倍首相の関与や官僚の忖度(そんたく)がなかったかが焦点に。安倍首相は「書き換え前の文書を見れば、私や妻から働きかけがなかったことは明らか」と繰り返したため、野党議員がたびたび抗議して審議が中断した。
こうした中、改竄前の文書に国会議員に並んで昭恵夫人の動向が書かれている理由を問われた太田理財局長が「それは基本的に総理夫人だからです」と答えた際には、「おおー」「よく言った」と野党席が勢いづく一幕も。安倍首相は「私の妻じゃなければ書きませんよ」と認めつつ、「書き換え全体のごく一部にすぎない」などと釈明した。
一方、民進の大野元裕議員は麻生太郎副総理兼財務相に対し、「(元理財局長の佐川宣寿前国税庁長官が辞意表明した際の)9日の会見で『佐川前長官に最終責任がある』と話したが、今もそう認識しているのか」と追及。麻生氏が「佐川氏が最終責任になる可能性が大きいので」などとあいまいな答弁を行うと、大野氏は「責任を負わせようとしたのではないか」と批判した。